Als zentrale Einrichtung der Medizinischen Fakultät der Universität Regensburg kooperiert des Zentrale Labor für Elektronenmikroskopie in der Forschung mit zahlreichen Kliniken des Universitätsklinikums sowie mit externen Forschungsgruppen.
Dadurch ergibt sich ein breites ultrastrukturelles Forschungsspektrum, z.B:

• Ultrastruktur von genetisch veränderten Myozyten der Maus - Dr. Schmitt (Harvard/Boston, aktuell: Biozentrum Würzburg)
• Thrombusbildung in Maus-Carotiden - Dr. Nieswandt (RVZ Universität Würzburg)
• Photodynamische Therapie bei Gliomen - Br. Baumgartner (LMU München)/Prof. Knüchel (Universität Aachen)
• Ultrastruktur von Bakteriophagen für industrielles Vektoren-Screeening - PROFOS AG (Regensburg)
• Ultrastruktur von Verblendkompositen (Zahnersatz) und Pellikelbildung - Dr. Gröger (ZMK, Universität Regensburg)
• 3D-Wachstum von transformierten Pulpazellen auf Polyamidnetzen - Prof. Schmalz/Fr. Hauer (ZMK, Universität Regensburg)
• Wirkung von 5-Fluorouracil auf Liposomen - Dr. Beham/Dr. Cabrele (Chirurgie, Universitätsklinikum Regensburg)
• Ultrastruktur der Linse nach x-Bestrahlung - Dr. Dietl (Strahlentherapie, Universitätsklinikum Regensburg)
• Ultrastruktur von COS-7 Zellen - Dr. Aigner (Neurologie, Universitätsklinikum Regensburg)
• Immunmarkierung zur Lokalisation von Hitzeschock-Proteinen in Tumorzellen - Prof. Multhoff (Hämatologie, Universitätsklinikum Regensburg)
• Immunmarkierung zur Lokalisation des intrazellulären p-75-TNF-Rezeptors - Prof. Männel/Dr. Pocsik (Immunologie, Universitätsklinikum Regensburg)
• Stabil adenoviral transduzierte Fibroblasten (NIH3T3-Zellen) - Dr. Schneider (Medizinische Mikrobiologie, Universität Regensburg)
• Immunmarkierung bei Parvovirus B19 - Prof. Modrow/Dr. Dorsch (Medizinische Mikrobiologie, Universität Regensburg)
• Mikrosporidien-Infektionen von Lungenfibroblasten und von frei lebenden Käfern - Dr. Franzen (Innere Medizin I, Universitätsklinikum Regensburg)
• Listerien-Infektionen von HT29-Zellen - Dr. Schlottmann/Dr. Korbel (Innere Medizin I, Universitätsklinikum Regensburg)
• Polyomaviren-Nachweis im Urin nach Nierentransplantation - Prof. Krämer (Innere Medizin II, Universitätsklinikum Regensburg)
• Ultrastruktur von Fistel-Epithelien - Dr. Bataille (Pathologie, Universität Regensburg)/Prof. Rogler (Innere Medizin I, Universitätsklinikum Regensburg)
• Melanomzellen in Spheroiden - Prof. Boßerhoff (Pathologie, Universität Regensburg)
• Angiogenese in Spheroiden - Dr. Kunz-Schughart (Pathologie, Universität Regensburg)
• EM-Telepathologie, Ultrastrukturelle Ferndiagnostik via Internet - Zentrales EM-Labor Regensburg
• Entwicklung von Mikrowellen-unterstützten Schnelleinbettungsverfahren - Zentrales EM-Labor Regensburg/Milestone srl (Sorisole, BG, Italien)