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Die Wissenschaftsgeschichte ist ein 'junges' Fach. Entstanden als Disziplingeschichte innerhalb der naturwissenschaftlichen Fächer, sind inzwischen die Beziehungen zur allgemeinen Geschichtswissenschaft, zu den Kulturwissenschaften und zur Wissenschaftsforschung stärker ausgeprägt. Anders als die Medizingeschichte, die curricular fest in nahezu alle Medizinischen Fakultäten eingebunden und entsprechend breit institutionalisiert ist, und anders auch als die Technikgeschichte, die üblicherweise in die Sozial- und Wirtschaftsgeschichte eingebunden ist, ist die Geschichte der Naturwissenschaften an deutschen Hochschulen - im Gegensatz zur Situation in den USA, Großbritannien oder Italien - selten vertreten und jeweils unterschiedlich institutionalisiert.
Das erste Ordinariat Deutschlands wurde 1946 in Frankfurt eingerichtet; in den 1960er Jahren kamen Institute bzw. Lehrstühle in Hamburg, München, Tübingen, Stuttgart, Mainz und Berlin hinzu. Zur Zeit [2007] ist die Geschichte der Naturwissenschaften in der Bundesrepublik planmäßig mit 9 C4-/W3- und 9 C3-/W2-Professuren vertreten, in der Regel jedoch nur mit jeweils einer einzigen Professur pro Hochschule. Ein eigenes Max-Planck-Institut für Wissenschaftsgeschichte wurde 1994 in Berlin eingerichtet.
Wissenschaftshistorisch einschlägige Studiengänge gibt es an den deutschen Universitäten an der TU Berlin (B.A. „Kultur und Technik“; M.A. „Geschichte und Kultur der Wissenschaften und der Technik“), in Bielefeld (M.A. "History, Philosophy, and Sociology of Science – HPSS“), Braunschweig (M.A. "Kultur der technisch-wissenschaftlichen Welt"), Jena (B.A./M.Sc. „Geschichte der Naturwissenschaften“), Frankfurt/Main (Magister-Nebenfach „Geschichte und Philosophie der Wissenschaften“), Regensburg (B.A./M.A. „Wissenschaftsgeschichte“) und Stuttgart (B.A. „Geschichte der Naturwissenschaften und Technik“; M.A. „Wissenskulturen“).
Eigene Professuren für Wissenschaftsgeschichte gibt es in Bayern außer an der LMU München nur in Regensburg, das damit auch bundesweit zu den wenigen Universitäten gehört, wo das Fach Wissenschaftsgeschichte mit Studiengang, Lehrstuhl und Assistentenstelle vertreten ist. Die schmale personelle und sachliche Ausstattung verhindert zwar eine weitergehende Differenzierung, wie sie vom Gegenstand her erforderlich wäre, entspricht aber dem Ausbaugrad an den meisten anderen Universitäten. Wie sich das Fach in Folge der Neuordnung der Studiengänge durch den Bologna-Prozess darstellen wird, ist derzeit noch nicht abzusehen.