NGS Analysis Center - Universität Regensburg

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The NGS Analysis Center (NAC) at the Biology and Pre-Clinical Medicine Faculty offers bioinformatics support for next generation sequencing (NGS) projects. The focus of the NAC is to provide support in planning high-throughput sequencing experiments, computational analysis of the data and bioinformatic pipeline development. We also provide training opportunities on these topics.

Mission

The NAC Biology aims to implement best practices in bioinformatics analysis at the faculty, in order to enable excellent research.

Service

Consultation: The NAC Biology highly encourages consultation before starting the NGS experiments. Please contact us directly for any questions regarding experimental design, reproducibility and statistical analysis. Immediate support to any kind of questions is available through the NAC slack channel. Please send your access request to uwe.schwartz@ur.de and stay tuned. The NAC participates actively in the Bioinformatics Interest Group (BIG ) hosted at the University of Regensburg.

Bioinformatics analysis: The NAC Biology develops state-of-the-art bioinformatics pipelines for various NGS applications. At the moment we provide established analysis pipelines for:

o    RNA-seq
o    small RNA-seq
o    ATAC-seq
o    ChIP-seq
o    MNase-seq
o    WGBS

Please let us know if you are interested in an application, which is not listed. Additional pipelines are developed on demand.

Downstream analysis:

o    Publication-ready visualization of complex data
o    Integrated analysis combining results of various NGS experiments
o    Data clustering and correlation analysis
o    Data deposition at GEO or EGA

Training: Mentoring of students/researcher, who aspire to conduct bioinformatics analysis in their research projects.

Contact:

Uwe Schwartz
Mail: uwe.schwartz@ur.de
Room: PHY 8.0.22
Phone: +49 (941) 943 2867

Gernot Längst
Mail: gernot.laengst@ur.de
Room: VKL 1.0.13
Phone: +49 (941) 943 2600

Das NGS Anaylsis Center (NAC) an der Fakultät für Biologie und Vorklinische Medizin unterstützt die Gestaltung und bioinformatische Auswertung von Next Generation Sequencing (NGS) Projekten. Der Schwerpunkt des NAC ist die Beratung und Planung von NGS Experimenten, die Computergestützte Auswertung und Entwicklung von bioinformatischen Pipelines. Zusätzlich werden Schulungen zu diesen Bereichen angeboten.

Zielsetzung

Das Ziel des NAC ist es, eine professionelle und zeitgemäße bioinformatische Datenauswertungen an der Fakultät zu etablieren, um exzellente Forschung zu ermöglichen.

Angebot

Beratung: Das NAC empfiehlt noch vor der Durchführung von NGS Experimenten Kontakt aufzunehmen, um die Versuchsplanung und die statistische Auswertung zu besprechen. Allgemeine bioinformatische Fragen können schnell und unkompliziert über den NAC Slack-Kanal beantwortet werden. Eine Anmeldung ist über eine Mail-Anfrage an uwe.schwartz@ur.de möglich. Außerdem ist das NAC ein aktives Mitglied der Bioinformatics Interest Group (BIG) der Regensburger Graduiertenschule (RIGeL).

Bioinformatische Auswertung: Das NAC entwickelt aktuelle und automatisierte Auswertungsverfahren für NGS Anwendungen. Momentan bieten wir folgende etablierte bioinformatische Analysen an:

o    RNA-seq
o    small RNA-seq
o    ATAC-seq
o    ChIP-seq
o    MNase-seq
o    WGBS

Auf Anfrage können zusätzliche Auswertungsverfahren entwickelt werden.

Downstream Analyse:

o    Abbildungen von komplexen Daten
o    Integrierte Analyse von verschieden NGS Experimenten
o    Einbeziehung von öffentlich zugänglichen Daten
o    Clustering und Korrelationsanalysen
o    Datentransfer zu GEO oder EGA

Training: Betreuung von Studenten/Wissenschaftlern, die bioinformatische Analysen erlernen und selbständig durchführen wollen.

Kontakt:

Uwe Schwartz
Mail: uwe.schwartz@ur.de
Raum: PHY 8.0.22
Telefon: +49 (941) 943 2867

Gernot Längst
Mail: gernot.laengst@ur.de
Raum: VKL 1.0.13
Telefon: +49 (941) 943 2600