Ein dritter Schwerpunkt, der stark klinisch, aber auch klinisch-wissenschaftlich definiert ist, betrifft den Bereich der Transplantationsmedizin. Am UKR werden sowohl Organ- (Niere, Herz, Leber, Pankreas) als auch Knochenmarktransplantationen durchgeführt. In den letzten Jahren konnte sich das Transplantationszentrum in Regensburg zu einem der führenden Zentren in Bayern entwickeln und bundesweit ein Profil erarbeiten. Durch die gezielte Forschung soll die Transplantationsmedizin kontinuierlich weiterentwickelt und somit die Lebensqualität wie auch die Überlebenschancen Betroffener erhöht werden.