Der Bestand der Universitätsbibliothek Regensburg umfasst cirka vier Millionen Medien, darunter Bücher, Mikroformen, Karten, Noten, CD-ROMs und AV-Medien sowie fast gedruckte Zeitschriften und Zeitungen.
Die Anzahl der elektronischen Medien nimmt immer stärker zu. Es sind fast 30.000 elektronische Zeitschriften und 467 Datenbanken lizenziert. Seit 2006 werden auch E-Books gekauft. Digitalisate erlauben die elektronische Nutzung der wertvollen Rara-Bestände und anderer urheberrechtsfreier Werke.
Zusätzlich stehen Sonderbestände zur Verfügung, darunter auch Nicht-Printmedien, z.B. im Historischen Werbefunk-Archiv (HWA), im Regensburger Volksmusik-Portal oder in der Regensburger Porträtgalerie.