Der Bestand der Universitätsbibliothek Regensburg umfasst cirka vier Millionen Medien, darunter Bücher, Mikroformen, Karten, Noten, CD-ROMs und AV-Medien sowie gedruckte Zeitschriften und Zeitungen.
Die Anzahl der elektronischen Medien nimmt immer stärker zu. Die Universitätsbibliothek Regensburg hat eine große Anzahl an Elektronischen Zeitschriften (externer Link, öffnet neues Fenster) und Online-Datenbanken (externer Link, öffnet neues Fenster) lizenziert. In den 2000er Jahren wurde damit begonnen, E-Books zu erwerben, die inzwischen einen großen Teil des Bibliotheksbestandes ausmachen. Retrodigitalisate erlauben die elektronische Nutzung der wertvollen Rara-Bestände und anderer urheberrechtsfreier Werke.
Zusätzlich stehen Sonderbestände zur Verfügung, darunter auch Nicht-Printmedien, z.B. im Historischen Werbefunk-Archiv (HWA), im Regensburger Volksmusik-Portal oder in der Regensburger Porträtgalerie.